La recherche sur la maladie de Lyme bénéficie de financements d'origines multiples. Plusieurs acteurs y contribuent : l'ANR, au sein de laquelle un appel à projets générique a permis de sélectionner deux projets pour un montant de 735 000 euros ; l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), qui est très mobilisée sur les maladies vectorielles à tiques et collabore sur certains thèmes avec l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) ; l'INSERM et son institut dédié, qui ont financé le projet « Quali explo PIQTIQ » retraçant l'histoire de la maladie et le vécu des patients ; l'INRAE, dont six sites sont impliqués et qui dispose d'infrastructures dédiées. Les maladies vectorielles à tiques sont aussi des thèmes de recherche à l'Institut Pasteur, au CNRS ainsi qu'au sein de la direction générale de l'offre de soins, à travers le programme hospitalier de recherche clinique.
La recherche dans ce domaine est très éclatée, ainsi qu'en témoignent les quarante-cinq projets recensés en janvier 2020, pour un montant d'environ 6 millions d'euros. Elle bénéficiera des retombées budgétaires de la LPR, qui prévoit une augmentation de 335 millions d'euros, entre 2021 et 2022, des crédits du programme 172. Quant à l'INSERM, il verra sa subvention augmenter de 36 millions d'euros. Avis défavorable.