Les PIA n'ont pas été pensées dans une logique territoriale même si des efforts ont été accomplis dans ce domaine. Comment faire pour éviter que les investissements ne soient captés par les plus grandes métropoles ? Comment défendre les territoires les plus fragiles et faire des PIA un meilleur outil d'aménagement du territoire ?
En outre, observez-vous une polarisation des investissements ? Est-ce que l'articulation du PIA avec les autres plans va simplifier les choses ? Concernant plus spécifiquement les secteurs d'avenir, comment articuler les PIA avec la loi de programmation de la recherche et de l'enseignement supérieur ?