Cet article confie la présidence du conseil d'administration de l'agence de l'eau au préfet coordonnateur de bassin où l'agence a son siège. Dans le cas de la Loire, qui prend sa source au mont Gerbier-de-Jonc, en Ardèche, et qui se jette dans l'Atlantique en aval de Nantes, c'est le préfet de la région Centre-Val de Loire qui deviendrait le grand chef du bassin. Pour l'instant, c'est un élu qui exerce cette fonction. Une telle tentative de reprise en main de la part de l'administration inquiète assez les élus. En effet, les compétences liées à la gestion de l'eau comptent parmi les plus essentielles du bloc communal, et on a l'impression d'une recentralisation.