L'article 13 ter prévoit d'augmenter la compensation de l'exonération de taxe foncière sur les propriétés non bâties (TFPNB) pour les terrains situés dans un site Natura 2000 faisant l'objet d'un engagement de gestion. Cette disposition relève de la loi de finances : elle doit être prise en compte dans le budget de l'État et son coût doit être évalué.
Par ailleurs, la dotation de biodiversité, instituée par la loi de finances pour 2020 et destinée aux communes dont une partie importante du territoire est couverte par un site Natura 2000, sera portée à 23 millions d'euros en 2022.