La CNCDH a conscience que le mot islamophobie est dévoyé et instrumentalisé, mais il l'est aussi bien par les musulmans qui assimilent les critiques de leur religion à de l'islamophobie que par les personnes d'extrême droite, qui soutiennent que l'usage de ce terme vise à empêcher la critique de la religion. La commission s'efforce d'utiliser le terme de manière appropriée pour caractériser un phénomène réel en France aujourd'hui : le rejet et la stigmatisation des populations musulmanes en France. Cette situation n'est pas idéale, mais elle vaut pour la plupart des termes liés au racisme. Le terme de xénophobie n'est pas non plus tout à fait approprié.