Lors de sa mise en place au début du mandat de l'actuel Président de la République, le secrétariat d'État chargé du numérique a été rattaché au Premier ministre, sans disposer d'administration spécifique. Depuis, il est revenu dans le périmètre du ministère de l'économie, des finances et de la relance. Ses compétences y sont disputées. Il ne traite par exemple pas de la transformation numérique des TPE-PME. Le ministre délégué aux petites et moyennes entreprises s'en charge.
La CPME soutient la création d'un ministère de plein exercice, qui dispose de moyens réels, avec une administration dédiée, afin de conduire une action transversale sur les sujets inhérents au numérique.