Il existe en Estonie des associations de défense des libertés publiques. L'utilisation des données donne lieu à des débats permanents. Des commissions rassemblent des représentants du gouvernement et de l'administration, des citoyens et des entreprises, afin de veiller au respect de l'intégrité des données, perçue comme prioritaire.
La protection des données n'est pas envisagée de la même façon en Estonie qu'en France. En Estonie, cette protection n'implique pas d'interdire l'accès aux données personnelles, mais la possibilité de savoir qui souhaite les consulter, pour quelle raison et, à partir de là, de l'y autoriser ou non. L'infrastructure numérique estonienne offre la possibilité aux citoyens de crypter certaines de leurs données. Une femme ayant subi un avortement peut ainsi choisir de ne communiquer cette information qu'à son seul médecin traitant. La plupart des usagers des services publics numériques ne recourent toutefois pas au cryptage. Ils estiment en tout cas plus pratique d'effectuer leurs démarches en ligne.
Des documents imprimés revêtus d'une signature manuscrite possèdent la même valeur juridique que ceux validés par une signature numérique. Le choix est laissé en permanence aux usagers. Chacun reste maître de ses données et de l'utilisation qui leur est réservée.