Après ce travail complexe qu'a été l'analyse du processus de transposition des directives, notre rapport avance plusieurs recommandations visant à établir un triple équilibre : dans le temps, entre les institutions et dans l'espace.
Équilibre dans le temps, pour commencer. Il s'agit d'anticiper au maximum les transpositions. Nous avons en effet constaté que si les ministères sont de mieux en mieux organisés, il est possible d'améliorer encore cette organisation, notamment par la mise en place d'une interface européenne dans chaque ministère avec la désignation rapide d'un responsable de la transposition.
Équilibre entre les institutions, ensuite, à commencer par les Parlements nationaux dont le rôle est très insuffisant. Pour mieux les associer, il nous semble nécessaire de réviser la directive de 2004 dans le sens d'une réaffirmation de l'engagement du gouvernement d'informer le Parlement, notamment par des fiches d'impact axées sur la transposition et actualisée régulièrement, qui préfigurent le tableau de concordance. Nous préconisons ensuite la transmission de deux rapports par le gouvernement au Parlement : l'un, trois mois après l'adoption d'une directive, pour présenter les modalités juridiques envisagées pour la transposition et l'autre, annuel, faisant le bilan de l'activité législative de l'Union européenne.
Toutefois, ces rapports du gouvernement ne constituent que la moitié du chemin. L'autre doit être faite par le Parlement lui-même qui doit se réorganiser. Tout d'abord, une communication régulière devrait être faite en commission des Affaires européennes sur les travaux européens en cours, afin que les parlementaires disposent d'une vision globale des transpositions à venir. Ensuite, un binôme de parlementaires, l'un membre de la commission des Affaires européennes, l'autre de la commission permanente compétente au fond, respectant l'équilibre majorité/opposition, seraient constitués tant à l'Assemblée nationale qu'au Sénat afin de dialoguer avec le gouvernement et les institutions européennes en vue d'influer sur les arbitrages de la transposition. Ce binôme aurait vocation à être ensuite rapporteur du projet de loi de transposition.