Si l'obligation vaccinale doit s'appliquer à tout le territoire, y compris en outre-mer, le Gouvernement a prévu une série d'aménagements en raison des situations locales spécifiques à ces zones.
D'une part, le contrôle de l'obligation est réalisé de façon progressive pour limiter ses incidences sur le système de santé. Depuis septembre, des démarches pédagogiques et des incitations à la vaccination sont ainsi organisées. Actuellement, les contrôles effectués visent les professionnels les moins en tension et les plus largement vaccinés, afin de ne pas cibler les populations dont la suspension risquerait de causer des dysfonctionnements. L'élargissement progressif des contrôles sera étalé jusqu'à la mi-novembre.