Certes, celui-ci comporte des clauses de sauvegarde permettant de prendre des mesures visant à préserver un secteur d'activité particulier, mais leur mise en oeuvre est malaisée. La commission d'experts mandatée par le Président de la République pour analyser les conséquences du CETA relaie cette inquiétude. Le rapport qu'elle a publié indique que la libéralisation des échanges agricoles donne la primeur au moins-disant canadien en matière de normes sanitaires et environnementales, ce qui affaiblit l'agriculture européenne.