Le budget de l'ANCCLI et des CLI provient d'abord d'une subvention de l'État. Depuis 2012, l'État consacre aux trente-cinq CLI – et non pas trente-sept, car des regroupements ont été effectués – et à l'ANCCLI un million d'euros.
Par ailleurs, environ 2 millions d'euros sont versés par les collectivités territoriales aux CLI, mais pas à l'ANCCLI. Il revient à la CLI de convaincre le président du conseil départemental, parce qu'il a une entité nucléaire qui pose des questions, de mettre un peu la main au porte-monnaie.