En réalité, ce qui est demandé aux MSP pour bénéficier des aides prévues dans la convention, c'est un peu plus qu'un projet de santé. Des objectifs et des indicateurs ont été définis, qui permettent notamment de s'assurer que la mise en place de la MSP se traduit par une augmentation des services rendus au patient. Le cahier des charges comporte notamment des indicateurs et des exigences en matière d'amplitude d'ouverture de la MSP au public, ainsi que des objectifs en termes de prise en charge des soins non programmés, ce qui nécessite le maintien de plages horaires sans rendez-vous. D'autres indicateurs et d'autres objectifs se déclinent également en matière de coordination des soins et de système d'information, car le regroupement en MSP doit évidemment s'accompagner d'un partage coordonné des éléments d'information entre les différents professionnels.
En fonction des résultats que produit la MSP eu égard aux indicateurs et aux objectifs du cahier des charges, les aides financières qui lui sont allouées seront plus ou moins importantes. Elle peut donc augmenter ces dotations en renforçant à la fois son intégration et sa réponse aux objectifs.
D'abord établi par un règlement arbitral de 2015, le dispositif relève, depuis 2017, d'une convention qui permet un suivi annuel des objectifs et une modulation des aides en conséquence.