Ce décalage entre le vote et le décaissement des crédits rend complexe le suivi des investissements.
Le secrétariat général pour l'investissement et les opérateurs ne distinguent pas toujours les enveloppes des différents PIA, d'autant que de nombreuses actions du PIA 3 financent finalement des dispositifs engagés lors d'exercices précédents. À cela s'ajoutent les substitutions budgétaires, lorsque les enveloppes des PIA permettent de financer discrètement les dernières annonces de tel ou tel ministre ou du Président de la République.