Le code de l'environnement prévoit que la gestion des parcs naturels marins est assurée par un établissement public national, l'Agence française pour la biodiversité.
Conformément à sa forme juridique, la gestion de chaque parc naturel marin repose sur un organe de gouvernance locale : un conseil de gestion, composé notamment de représentants locaux de l'État, de façon minoritaire et de représentants des collectivités territoriales.
Un rapport d'information de la commission du développement durable, déposé le 20 juin 2018, fait état de moyens en deçà de l'importance des enjeux et, dans sa recommandation n° 49, conclut à la nécessité d'augmenter les moyens humains et financiers consacrés au contrôle et à la protection des milieux marins.
Dans cette perspective, il est proposé d'inclure l'exécutif des collectivités territoriales à statut particulier dans une cogestion avec l'OFB. La rédaction actuelle du code ne permet pas une cogestion, mais seulement une association de gestion.