Une partie des 33 milliards d'euros dont on définit l'affectation va aux régions et une autre partie alimente le compte d'affectation spéciale « Transition énergétique », dans le cadre du budget. C'est un peu plus difficile s'agissant du coût des CEE, qui ne font pas l'objet d'un compte d'affectation spéciale ; c'est un autre mode de calcul. Mais un ensemble de coûts est supporté par le distributeur de carburants, et cet ensemble intègre les surcoûts liés au dispositif des CEE.