Il vise à modifier l'assiette de la taxe. En effet, si, en taxant le chiffre d'affaires plutôt que les bénéfices, le projet de loi permet d'éviter la question particulièrement complexe de l'harmonisation fiscale de l'impôt sur les sociétés, cette solution ne prend toutefois pas en considération les réalités économiques auxquelles sont confrontées les entreprises : le chiffre d'affaires d'une entreprise n'est pas révélateur de la richesse que crée celle-ci ni un garant de sa bonne santé économique. Par exemple, dans le cas d'un modèle d'affaires où le chiffre d'affaires est élevé mais où les charges le sont également, l'entreprise peut rapidement s'avérer déficitaire.
Ce risque est corroboré par le rapport d'information sur la fiscalité du numérique présenté par Éric Bothorel et Marietta Karamanli, lequel rappelle que « la taxe sur les services numériques pourrait lourdement grever l'exercice de certaines entreprises déficitaires » et « créer un effet de seuil dissuadant certaines start-up de se développer ».
Bien qu'il n'existe pas de solution idéale à ce problème, l'un des moyens de limiter l'effet de la mesure est de modifier l'assiette de la taxe en se fondant sur la marge brute de l'entreprise ou du groupe plutôt que sur le chiffre d'affaires, ce qui permet de retrancher de celui-ci une partie des charges que subit l'entreprise avant de calculer son bénéfice.