Ce sont les ministères de tutelle, de l'agriculture et de l'Outre-mer, qui sont pilotes et autorités de gestion de ce programme. On travaille en concertation. Mais le programme est écrit et présenté à la Commission européenne par les ministères de l'agriculture et de l'Outre-mer.
Aujourd'hui il n'y a pas de modulation d'aide, dans le cadre du POSEI, en fonction de la pollution, notamment de la pollution au chlordécone. Une réflexion est en cours sur l'élevage, au sujet, justement, de la décontamination des cheptels, dans le cadre des procédures de modification du programme qui interviennent chaque année. Mais, aujourd'hui, il n'y a aucune modulation en fonction de la pollution dans le programme, tel qu'il est construit et validé par la commission.