Les actions relevant de l'axe 5 du plan Écophyto sont en effet pilotées par le ministère des Outre-mer et gérées par l'ODEADOM. Elles consistent notamment à développer les connaissances et les expérimentations sur des itinéraires techniques alternatifs peu consommateurs en produits phytosanitaires et à construire avec les Outre-mer une agro-écologie, axée sur la réduction de l'utilisation et de l'impact des produits phytosanitaires.
Tous les deux ans, un séminaire est organisé par le ministère des Outre-mer, afin de dresser le bilan des actions entreprises et de réviser éventuellement les orientations envisagées.