Le projet de loi conforte le rôle du HCERES ; pourtant, cette instance est contestée par de nombreux chercheurs qui dénoncent son rôle éminemment politique. Par exemple, lors de la campagne de candidature à sa présidence, des chercheurs ont déposé une candidature collective. Ils expliquent que celle-ci « vise à renouer avec les principes d'autonomie et de responsabilité des savants qui fondent la science », et ajoutent qu'« il ne saurait y avoir d'administration distincte dotée d'un "président" pour superviser ces pratiques : c'est l'ensemble du corps savant qui doit présider à l'évaluation qualitative de sa production. Sans recherche autonome, nous n'avons pas d'avenir. » Nous demandons donc la suppression du HCERES. Les modalités d'évaluation des unités seront discutées par concertation entre les différents acteurs.