La volonté politique de lutter contre la fraude se heurte à une rédaction technique de l'article 46 du projet de loi de finances pour 2018. En effet, le renvoi à l'article 289 du code général des impôts – CGI – ne vise que les cas d'émission de factures obligatoires au sens fiscal pour les opérations entre assujettis ou personnes morales. En l'état, le texte conduirait à appliquer le dispositif de certification ou d'attestation à toutes les opérations réalisées avec les particuliers, même lorsqu'elles donnent lieu à l'émission de factures conformes au CGI, par exemple dans le cadre du commerce électronique. Ce texte serait inapplicable pour tous les autres assujettis – entreprises, associations, organismes ou entités publiques.
Les entreprises disposent généralement d'un système de facturation unique, non de plusieurs systèmes spécifiques en fonction du destinataire. En conséquence, elles émettent les mêmes factures quelle que soit la qualité du destinataire – entreprise, particulier, organisme du secteur public. En pratique, tous les logiciels de facturation devraient être certifiés. Ces remarques s'appliquent également aux sites de commerce électronique : tous les processus de ventes en ligne devraient donc être certifiés.
En conclusion, l'entreprise souhaitant obtenir une certification ou une attestation ne peut pas déterminer quels logiciels ou quelles fonctionnalités relèvent de l'obligation. À ce jour, seuls les systèmes de caisse enregistreuse disposent d'une procédure de certification, mais pas les logiciels de facturation.
Ce texte serait inapplicable en l'état pour les éditeurs, lesquels ne connaissent pas l'utilisation qui est faite de leurs logiciels, donc ne savent pas si les factures sont émises pour des professionnels, des particuliers ou des établissements publics.
La rédaction actuelle de l'article peut conduire à requalifier en logiciel de caisse un logiciel de facturation, si des factures sont émises à l'attention d'un particulier ou d'une administration, ou un logiciel de comptabilité, si des règlements sont comptabilisés directement par l'utilisateur. L'éditeur deviendrait ainsi responsable du mode d'utilisation de son logiciel par l'assujetti. Il est impossible de transposer les exigences d'un logiciel de caisse à un logiciel de facturation : leurs fonctionnalités respectives sont totalement différentes. Actuellement, il existe des dispositifs de certification en matière de caisse, mais pas en matière de facturation.