Aux termes de l'article L. 6143-2 du code de la santé publique, le projet d'établissement « comporte un projet de prise en charge des patients en cohérence avec le projet médical et le projet de soins infirmiers, de rééducation et médico-techniques, ainsi qu'un projet psychologique et un projet social ». Ces éléments constituent le coeur même de l'action des établissements publics de santé, c'est-à-dire le soin.
Introduire l'aspect organisationnel dans le projet d'établissement pourrait s'envisager dans des conditions très spécifiques, mais l'article 11 prévoit que le « pilotage », l'« animation » et la « motivation » visent à « atteindre les objectifs du projet d'établissement ». Or le seul objectif à atteindre est celui du soin des patients et non la rentabilité, sous-entendue par la logique managériale importée du secteur privé lucratif.
La mesure no 23 du Ségur de la santé, intitulée « Mieux prévenir les conflits à l'hôpital », se fonde sur un besoin d'amélioration du management, vu comme une priorité par 27 % des personnels sondés. Mais ceux-ci entendaient par là « plus d'écoute des professionnels et plus de proximité ». D'après les conclusions du Ségur de la santé, il conviendrait, pour répondre à cette demande, de « favoriser la prévention et le règlement des conflits aux niveaux de proximité » et de « généraliser les dispositifs de conciliation au sein de chaque établissement ». En aucun cas, la demande d'amélioration du management ne reflétait un besoin de pilotage, d'animation et de motivation à atteindre les objectifs du projet d'établissement.