Si l'exécution budgétaire de la mission Écologie, développement et mobilité durables peut être qualifiée de satisfaisante par la Cour des comptes, cela ne saurait masquer des réalités complexes. Par exemple, s'agissant du secteur de l'aviation, les dépenses d'investissement du budget annexe Contrôle et exploitations aériens ont été sous-exécutées à hauteur de 49 millions d'euros en 2019.
En outre, l'efficacité des politiques publiques relevant de la mission Écologie, développement et mobilité durables est altérée par la complexité de certains dispositifs, comme ceux du bonus-malus et de la prime à la conversion.
Le taux d'usage du chèque énergie reste également insuffisant, à 72 % au 14 janvier 2020. Ce dispositif mériterait d'être généralisé.
L'articulation des dépenses fiscales, qui représentent près d'un tiers des crédits de la mission, avec les politiques publiques n'est pas non plus évidente. En 2016, 14 niches fiscales étaient encore jugées défavorables à l'environnement.
Enfin, les moyens humains destinés à la mission sont en forte diminution et la tendance à la déqualification de la structure des emplois perdure.