Les recettes du budget annexe Contrôle et exploitation aériens sont directement corrélées au trafic aérien et devraient donc diminuer de 66 % en 2020.Cette diminution des recettes sera compensée par l'emprunt. La capacité d'emprunt du budget annexe en 2020 a été portée de 50 millions d'euros à 1,25 milliard d'euros. La dette va donc fortement augmenter. Toutefois, il faut saluer la gestion de la DGAC au cours des derniers exercices, qui a permis de réduire l'encours de la dette à 667 millions d'euros au 31 décembre 2019, ce qui était son niveau le plus faible depuis 2000.
La sous-exécution des dépenses d'investissement en 2019 s'explique par des retards dans certains programmes d'investissement et par la réorientation du projet de nouvel outil technologique pour la navigation aérienne (le programme « 4-FLIGHT ») décidée par la DGAC.