Le caractère pluripotent de ces cellules peut soulever des questions éthiques délicates, en particulier lorsque les recherches conduisent à différencier ces cellules en gamètes, à les agréger avec des cellules précurseures de tissus extra-embryonnaires de manière à constituer des organismes dont la structure se rapproche de celle d'un embryon ou à les insérer dans un embryon. Un régime d'autorisation traduirait une plus grande vigilance vis-à-vis du respect de nos principes éthiques.