Le projet de loi ne fait pas mention du dossier pharmaceutique qui constitue pourtant un outil essentiel de recueil des données. Près de quarante millions de DP sont aujourd'hui actifs, représentant plusieurs milliards de dispensations. Le DP conserve pendant trente-six mois tous les types de traitements médicamenteux du patient, prescrits ou non, remboursés ou non. Les données du DP sont structurées, interopérables avec d'autres systèmes d'information de santé et exportables.
Le DP et le DMP ont, dans un premier temps, vocation à coexister en parallèle l'un de l'autre. La CNIL préconise, dans un second temps, une reprise du DP par le DMP. Dans l'attente de cette fusion, l'amendement AS297 vise donc à inscrire dans l'espace numérique du patient le dossier pharmaceutique, en le mentionnant indépendamment du DMP.