Il existe des conventions sur le bilinguisme avec les régions – elles sont chef de file. Dès lors que la collectivité d'Alsace est créée et dotée de certaines compétences, je ne vois pas pourquoi elle ne négocierait pas directement avec le rectorat une convention sur le bilinguisme. C'était d'ailleurs le cas de la région Alsace, comme de toutes les autres régions.
Votre position ne me semble pas très claire ; elle suppose probablement une délégation. Il serait bien plus simple de désigner la nouvelle collectivité comme chef de file pour l'enseignement de l'allemand alsacien dans son périmètre.