Ces systèmes d'information, ces logiques de constitution de fichiers ont provoqué de longs débats lors de l'examen des différents textes sur l'état d'urgence. Il est normal que les mêmes questions reviennent aujourd'hui puisque ces systèmes, comme vient de le rappeler Stéphane Peu, portent notamment des atteintes – certes ciblées – au secret médical, et que leur efficacité à lutter contre la diffusion du virus n'a été prouvée par aucune étude sérieuse.
Quelque 200 000 patients zéro et 600 000 cas contacts sont actuellement dans le système d'information. Or ni le rapport remis au Parlement ni aucune autre communication n'indiquent la manière dont ce système est utilisé par l'exécutif ni ne donnent d'indicateurs de performance le concernant.